菰核基因组SSR引物的开发及其在稻族植物中的通用性检测

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【作者】Wagutu Godfrey Kinyori，Njeri Henry Kariuki，樊香绒，陈媛媛
【作者单位】中国科学院武汉植物园水生植物与流域生态重点实验室；中国科学院大学；中国科学院中非联合研究中心；西藏大学理学院；西藏大学青藏高原生态环境研究中心
【ISSN】2095-0837
【关键词】微卫星标记参照基因组简单重复序列野生稻菰
【摘要】利用数据库中已有的部分菰核基因组序列，采用in silico方法开发其SSR引物，并选取我国不同纬度的5个菰野生种群，对合成的64对引物进行筛选。结果显示：64对引物中有15对至少在一个种群中表现出多态性；共发现84个等位基因，每个位点平均有5.6个等位基因。在5个种群中，观察杂合度为0.000～0.941，预期杂合度为0.072～0.625。种群间的基因流水平较低导致了种群间表现出较高的遗传分化。进一步对稻族其他物种的通用性检测发现，15个多态位点中，有8个位点在亚洲栽培稻中得到扩增，有9个位...
【文献类型】期刊