应用比较基因组分析检测乙型肝炎病毒中可能的重组事件

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【作者】叶琳，张原，梅旖，南蓬，钟扬
【作者单位】复旦大学生命科学学院进化生物学中心；中国医学科学院病原生物学研究所；上海生物信息技术研究中心；西藏大学生物多样性与地生物学研究所
【年份】2010
【卷号】第55卷
【期号】第14期
【页码】1322-1328
【ISSN】0023-074X
【关键词】乙型肝炎病毒重组 RDP3 Simplot
【摘要】应用生物信息学软件RDP3和Simplot及5种重组检测算法(RDP,GENECONV,MaxChi,Chimaera和SiScan),对791个人类乙型肝炎病毒(HBV)全基因组和38个非人灵长类乙型肝炎病毒全基因组序列进行了比较分析,以检测可能的重组事件及重组子.用RDP3检测出9个重组事件及61个重组子,并用Simplot分析确定了具有两条亲代序列的6个事件中重组发生的位置.61个重组子中53个为首次发现.研究还表明PreC/C基因区域和基因边缘附近发生重组频率较高.
【基金】上海市重点学科基金
【文献类型】期刊